Agenția de Protecție a Mediului a luat decizia de emitere a autorizației, după ce Azomureș a reușit să atingă toate obiectivele impuse de autoritățile naționale de mediu conform planului de conformare. Începând cu anul 2012 pe platforma Azomureș s-a derulat un program de investiții cu o valoare de peste 240 de milioane de euro în vederea retehnologizării și modernizării instalațiilor.

Investițiile au presupus, printre altele, modernizarea unor instalații cheie de pe platformă, cum ar fi fabrica de Uree și instalația Amoniac, și construcția unei noi stații de tratare a apei industriale.
Astfel, s-a asigurat continuarea activității de producere a îngrășămintelor pentru agricultură și menținerea unui obiectiv industrial important pentru economia locală și națională.

Cel mai recent incident de mediu întregistrat la Azomureș a avut loc pe 19 iulie, când aproape întreaga activitate a combinatului a fost paralizată din cauza unei căderi de tensiune ceea ce a condus la eliberarea în atmosferă a unor aburi de amoniac. În numai câteva minute, cerul s-a colorat în roșu aprins, iar aerul a devenit greu de respirat.

În luna februarie 2015, combinatul Azomureș a primit cea mai recentă amendă, 50 de mii de lei, pentru că a depășit emisiile de amoniac în atmosferă.